Les juges d'instruction Charles Duchaine et Pierre Philipon le croient puisqu'ils les ont respectivement renvoyés devant le tribunal correctionnel pour détournement de fonds publics et recel de ce délit.

L'histoire se noue en juin 2011. Jean-David Ciot est alors comme chez lui au bateau bleu. Cela fait neuf ans que celui qui n'a à l'époque pour seul mandat que celui de maire du Puy-Sainte-Réparade figure au cabinet de Jean-Noël Guérini. Deux mois plus tôt, les cantonales ont à nouveau permis à son patron de se faire réélire triomphalement à la présidence du conseil général malgré l'affaire dite "Déchets 13" sur laquelle le juge Duchaine enquête depuis deux ans.

En avril 2011 ,au moment de la signature, le nouveau contrat est assez semblable aux précédents : Ciot continuera de surveiller en particulier la carte électorale du département. Une mention est toutefois modifiée. Alors que les contrats antérieurs ne le prévoyaient pas, des indemnités lui seront désormais octroyées en cas de licenciement

Quand le 26 mai 2011 Jean-David Ciot est licencié, il n'y en a pas.

Mais un tel oubli ne saurait relever que du tribunal administratif et les avocats des deux mis en examen tentent d'y circonscrire l'affaire. Les juges ne sont pas sur la même ligne : ils s'intéressent à la somme perçue alors par Jean-David Ciot. Grâce à la petite ligne modifiée en avril 2011 sur son contrat, il peut partir avec 65 529 euros correspondant pour un tiers à des indemnités de départ et pour le reste à des allocations journalières d'indemnités de perte d'emploi.
Une somme dont les juges ordonnent la saisie conservatoire en février 2013. Ils estiment que le contexte aurait pu pousser Jean-David Ciot à souhaiter un départ pour faciliter sa carrière politique. S'il voulait être en position de pouvoir briguer un mandat législatif, Ciot devait avoir quitté son poste au cabinet au moins un an avant le scrutin de juin 2012. Pour les juges, cela pourrait bien justifier le préavis riquiqui de cinq jours (du 26 mai au 1er juin) observé par Jean-David Ciot au lieu des deux mois statutaires.

Aux yeux des juges, le licenciement correspondrait donc davantage à une convenance personnelle qui aurait dû conduire à une démission de l'intéressé, sans indemnités donc. Le licenciement serait alors un moyen pour Jean-Noël Guérini de permettre à ce proche de disposer d'un petit bas de laine pour d'éventuels mois de campagne incompatibles avec une activité rémunérée. Le président du conseil général comme Jean-David Ciot vont alors rétorquer que la candidature n'était alors pas du tout engagée. À leurs yeux, il s'agissait plutôt de permettre à Ciot de prendre sereinement la tête de la fédération du parti socialiste, un poste jugé peu compatible en termes d'emploi du temps avec le travail au conseil général. À l'époque vont-ils ajouter, quoique leur rapport soit encore en préparation, le sénateur Alain Richard et son équipe enquêtent pour le compte de Solférino sur le PS 13. L'idée de demander aux responsables de la fédération de ne pas occuper d'emploi dans une collectivité est déjà dans l'air.

Le licenciement offrait donc selon eux le second avantage de se conformer avec la future règle.

Entendus, trois autres membres du cabinet de Jean-Noël Guérini ont pourtant jugé probable que Ciot ait été licencié pour lui permettre de conserver les indemnités. Confronté aux deux élus, le directeur de cabinet de l'époque, Rémy Bargès va se faire le plus précis et expliquer aux juges avoir été au fait de l'ambition législative de Jean-David Ciot. Il corrobore la version des enquêteurs et précise alors que le licenciement a été privilégié pour ses avantages pécuniers. Le tribunal correctionnel de Marseille a une journée pleine pour choisir sa version.

Tout au long de la journée, après chaque suspension, Jean-David Ciot s’arrange pour s’asseoir le plus loin possible de Guérini, qui se rapproche. Le député dit qu’il n’a pas eu le choix, que sa candidature un an plus tard à la législative est sans rapport, qu’il ne savait pas encore qu’il serait candidat. D’ailleurs, ajoute-t-il, cette circonscription (la 14e, Aix-en-Provence notamment), lui semblait imprenable. Il finit par agacer le procureur Jean-Luc Blachon qui sort de ses postures bonhommes pour le traiter de «malgré moi», qui n’aurait rien choisi, tout subi.
Au fait, ajoute le représentant du ministère public, pourquoi Jean-David Ciot n’a pas demandé le préavis auquel il avait droit s’il ne voulait pas partir? Ne serait-ce pas pour ne pas entamer la période de douze mois avant les législatives, ce qui l’aurait empêché d’être candidat? Pour lui l’élément intentionnel du délit se niche dans cette omission. Jean-David Ciot répond qu’il ignorait ses droits, pensait qu’il devait quitter son poste à la fin du mois une fois que son patron lui demandait de partir. «Je n’ai pas d’autre explication que ma bonne foi ajoute-t-il. Je sais que c’est insuffisant, que nul n’est censé ignorer la loi…»