Le couvent des Clarisses, est en cours de restauration, abritera les locaux du Centre de la Présence Française en Algérie et un "Mur des disparus" qui sera érigé dans le jardin de l’ancien couvent Sainte Claire.
Situé au pied de la citadelle des rois de Majorque et aux franges supérieures de la ville ancienne, ce couvent participe d'une couronne d’établissements monastiques établis lors des grands travaux de fortification du milieu du XV° siècle. Fondé sous l'autorité de Charles Quint, en 1548, le couvent, après l'expulsion des clarisses durant la Révolution, a été transformé pour partie en prison et pour partie en gendarmerie dès les premières années du XIX° siècle ( les lieux seront libérés après la fermeture de l'établissement carcéral en 1986).

Le 23 octobre 2006, le sujet était mis en débat au conseil municipal de la ville de Perpignan, à la fois sur le "Mur des disparus" et sur les travaux à engager pour restaurer l’aile et la galerie sud de l’ancien couvent Sainte-Claire, rue Derroja, devenu prison civile avant d’être récupéré par la mairie et où s’installera le centre de documentation historique sur l’Algérie.
Les élus de gauche du PS et les nostalgiques du stalinisme PC votaient contre aux délibérations du conseil municipal.
Un collectif contre les travaux est crée en août 2005 avec les habituels groupuscules d’extrême gauche le MRAP la LDH et autres nostalgiques de Saloth Sar.
Pour Monique Leblon de la LDH : « Ce projet est incohérent et irrespectueux pour les Algériens ».

Pour l’initiatrice  du projet Suzy Simon-Nicaise, présidente du Cercle Algérianiste des P.-O. Il s’agit tout d’abord de loger toutes les archives qui se trouvent au 52, rue Maréchal Foch à Perpignan, l’actuel siège du Cercle Algérianiste de Perpignan.
Plus de 4000 livres, 6000 dossiers, plus de 5000 cartes postales, des revues et des journaux à faire craquer les placards, des tableaux et des objets de la vie quotidienne en Algérie, des affiches, des drapeaux et des uniformes de l’armée française.
C’est la première raison, pour Suzy Simon-Nicaise, de la création d’un nouveau lieu. « Qui ne sera pas un musée mais un centre de documentation de la présence française en Algérie où l’on pourra décemment accueillir des chercheurs », précise Suzy Simon-Nicaise.
Pour les Falso- révisionnistes de la LDH, c’est une honte d’être nostalgique de son pays. Quel être humain  ne se souvient pas de son pays natal, avec nostalgie ?
On est de nulle part, on ne sait plus où sont nos racines. Nous sommes tous ces souvenirs entassés, on a besoin de savoir d’où l’on vient ». Pour la représentante de ces « provinciaux sans province et sans terre, toujours traumatisés 45 ans après », le futur centre sera « un lieu de témoignages sur 132 ans d’histoire, d’un mode de vie, comme le musée du Castillet sur les traditions catalanes. Nous voulons transmettre cette mémoire à nos enfants et petits-enfants. Je n’ai pas envie que nos descendants aient honte de leurs aïeux.

Le programme des travaux se développera selon trois axes

- Une galerie d'exposition permanente offrant un parcours muséographique et une galerie d'exposition temporaire, ainsi qu'une réserve qui permettra de conserver les objets.

- Un centre documentaire multimédia, véritable outil scientifique de recherche et outil pédagogique, travaillant en liaison avec les centres existants (services d'archives, bibliothèques, centres documentaires). Des locaux reliés à la salle de consultation permettront de conserver dans des conditions optimales les fonds documentaires.

- Une salle polyvalente, car le Centre de la Présence Française en Algérie se veut un lieu de débats et de réflexion.

- A ces espaces s'ajouteront les bureaux de l'administration du Centre de la présence française en Algérie, la salle réservée à l'association Algérianiste et une salle de traitement des documents et de préparation des expositions.

Le Musée

Plus de 430 m² d'exposition vont être aménagés dans les deux niveaux du Couvent des Clarisses.

Au premier étage sera installée une exposition permanente (300 m²) retraçant l'histoire de l'Algérie dans toute sa complexité.

Véritable parcours chronologique et thématique, elle mettra en valeur à la fois l'histoire individuelle et l'histoire collective. Ce sera également un véritable mur d'images qui montrera la vie de ces hommes et femmes qui participèrent à l'histoire de l'Algérie. Une importance très grande sera donnée aux documents iconographiques (photographies, cartes postales…) et aux documents numérisés qui seront consultables sur des bornes informatiques.

Au rez-de-chaussée, un espace d'exposition temporaire ( 130 m² environ) aménagé dans une partie de l'église, abritera les expositions de durées variables. Cet espace sera un véritable élément complémentaire de l'exposition permanente et permettra de développer les thèmes déjà abordés (histoire, art, littérature, vie quotidienne…).

L'exposition permanente et les expositions temporaires seront conçues sous l'égide d'une commission historique. Elles seront réalisées à partir des documents et objets de l'association algérianiste et s'appuieront sur d'autres sources d'archives.

Une salle polyvalente située dans l'église, au rez-de-chaussée, en continuité avec la salle d'exposition temporaire permettra d'accueillir diverses manifestations : conférences, projection de films, débats…

La capacité d'accueil sera de 150 places assises.

Le Centre de documentation multimédia

Centre " ressource ", constitué à partir des collections du Cercle Algérianiste (plus de 6000 ouvrages et une importante collection iconographique), le centre va être enrichi par les nombreux dons et par l'acquisition de nouveautés ( ouvrages et périodiques numérisés…).

La salle de consultation multimédia (50 m²) sera située dans la magnifique salle capitulaire qui est à proximité du cloître. Les documents en accès indirect seront regroupés dans un magasin de 100 m². Une réserve (35 m²) permettra de conserver les documents les plus précieux.