Du 19 mars 1962 au 3 juillet 1962, il est nommé haut-commissaire en Algérie française il emménage le 27 avril 1962, dans la cité administrative de Rocher Noir qui héberge l'Exécutif provisoire.
Le conseil des ministres nomme Christian Fouchet haut commissaire de France en Algérie et Abderrahmane Farés (libéré de la prison de Fresnes) président de l'exécutif provisoire, composé de douze membres.
Il y est bien sûr question de la fusillade du 26 mars 1962. Il devient ministre délégué auprès du premier ministre chargé de l'Information du 11 septembre 1962 au 28 novembre 1962, il est ministre de l'Education nationale du 28 novembre 1962 au 1er avril 1967, puis de l'Intérieur du 6 avril 1967 au 31 mai 1968 dans les gouvernements de Georges Pompidou.

Fusillade du 26 mars 1962 de la rue d'Isly à Alger 56 morts.

Christian Fouchet au sujet du général de Gaulle - 28 octobre 1969 - " J’en ai voulu au Général de m’avoir limogé au lendemain de mai 1968, poursuit Fouchet. C’était une faute politique. Il m’a reproché de ne pas avoir maintenu l’ordre" & " Vous n’avez pas osé faire tirer " J’aurais osé s’il l’avait fallu, lui-ai-je répondu.
" Souvenez-vous de l’Algérie, de la rue d’Isly " " Là, j’ai osé et je ne le regrette pas, parce qu’il fallait montrer que l’armée n’était pas complice de la population algéroise. »
- Haut-commissaire en Algérie en mars 1962, Christian Fouchet semble reconnaître ici sa responsabilité directe dans la répression sanglante de la manifestation organisée à Alger le 26 mars 1962 par l’OAS pour protester contre l'encerclement de Bab el Oued.
Ce que les faits démontraient d’eux-mêmes, les principaux collaborateurs et acteurs de cette triste période le confirment par leurs mémoires. La concordance de leurs témoignages avec les faits ne peut être le simple fruit du hasard. Il s’agit bien d’une volonté délibérée du général De Gaulle d’en finir avec la population rebelle des Français d’Algérie, par tous les moyens, même celui du crime d’État. Christian Fouchet n’a pu agir sans ordre du Chef de l’État et de son gouvernement.
A l'époque le Ministre est Christian Fouchet, son image n'était pas des meilleures, mais moi (Pompidou) je trouve que c'était un excellent Ministre. Je tiens à le dire. Christian Fouchet était un homme qui donnait l'impression d'être assez lent à comprendre, et peut-être l'était-il un peu, il prenait son temps, mais on pouvait lui expliquer les choses jusqu'à ce qu'il ait compris.
- HARKIS - Le 16 mai 1962.- " Le ministre d’État demande au Haut-Commissaire rappeler que toutes initiatives individuelles tendant à installer métropole Français-musulmans sont strictement interdites. En aviser Urgence S.A.S. et commandants d’unité. " (Directives du Ministre d’État Louis Joxe, chargé des Affaires Algériennes à Christian Fouchet, Haut Commissaire de la République française en Algérie. 16 mai 1962 - Télégramme n° 125/I. G.A.A. Ultra secret/strict confidentiel.)
- Georges Pompidou a confié que de Gaulle lui avait alors dit qu'il allait refuser la grâce de Jouhaud afin de montrer qu'aucune pression ou manoeuvre ne pouvait entamer sa résolution, ni empêcher la justice de passer. Il ajoutait qu'il avait alors exposé à de Gaulle que ce serait une erreur grave et qu'il serait impossible de faire admettre que Jouhaud soit exécuté à la place de Salan, alors que chacun s'attendait à ce que, pied-noir d'origine, ayant plutôt suivi qu'initié le putsch d'Alger, il serait gracié. Il confiait même que si la grâce de Jouhaud était refusée, il démissionnerait, et suggérait que de Gaulle le remplacerait par Christian Fouchet, alors haut-commissaire en Algérie.

Tout se passa autrement.

A Oran, le 11 juin 1962, le général Cantarel, commandant le corps d'armée, parle au haut-commissaire M. Christian Fouchet, de l'évêque d'Oran, Mgr Lacaste. Il lui reproche de pactiser avec tous ceux qui s'opposaient à la politique gouvernementale. M. Fouchet décide de rencontrer le prélat. Invitant l'évêque à s'asseoir, il lui dit : " Que l'Esprit saint nous inspire dans notre conversation ! " Puis il lui fait grief de n'avoir jamais eu un mot pour condamner les excès de l'O.A.S. " Monsieur le Haut-Commissaire, lui répond Mgr Lacaste, la population européenne d'Oran est aujourd'hui menacée dans son indépendance et peut-être dans sa vie même. Je comprends ceux qui luttent pour leur indépendance et laissez-moi vous dire que je n'ai jamais condamné, naguère, le F.L.N. " M. Fouchet répond au prélat qu'il a eu tort de ne pas avoir désavoué les crimes du F.L.N., mais cela n'aurait guère eu de poids, étant donné qu'ils étaient musulmans. En revanche, les Européens sont des chrétiens. Sur eux, peut s'exercer son autorité spirituelle. " Monsieur le Haut Commissaire, lui répond Mgr Lacaste, je ne saurai accepter de leçon de vous quant à ma façon d'agir dans le cadre de ma mission pastorale. Seul, le Saint-Père peut disposer de l'évêque que je suis. "
Ce que n'a pas ajouté, dans ses Mémoires, Christian Fouchet, c'est qu'après cette digne et cinglante réponse, Mgr Lacaste ajouta: " Toutefois, monsieur le Haut-Commissaire, si des paroles incitant la population à la non-violence vous paraissent indispensables, je veux bien les prononcer. A une condition toutefois. Que je sois autorisé, au préalable, à déclarer combien le sort de l'Algérie a été indiffèrent de tout temps à la France"
La colonie fut un remarquable moyen de se débarrasser de certains individus encombrants. Déjà, en 1848, furent transplantés sur une terre inculte, dans l'insécurité, des chômeurs parisiens soumis à un régime militaire particulièrement sévère. En 1851, ce seront des citoyens, estimés trop républicains, qui seront déportés. En 1871, les Alsaciens et les Lorrains devront, à leur tour, arrivant dans le plus complet dénuement, refaire leur existence en Algérie. En quoi la France a-t-elle porté d'intérêt à l'Algérie ? Égoïstement, les gouvernements, les partis politiques ne verront dans ce pays que la possibilité de renforcer leur audience. Aussi feront-ils attribuer des lots de terre importants à leurs grands électeurs ; aussi remplaceront-ils souvent la noblesse de sang, classe dirigeante héréditaire chez les Musulmans, par des hommes que l'on comblera d'honneurs et de prébendes. Et aujourd'hui, quelle reconnaissance manifeste la Métropole à l'Algérie qui a envoyé ses fils combattre en 1914/1918 d'abord sur le front français, qui a ensuite délivré une partie de la France, de la Provence au Rhin, alors que la Métropole était occupée, depuis la défaite, par l'ennemi ? Aucune gratitude, vous le savez. Aussi, concluait Mgr Lacaste, je devrais leur dire de ne plus attendre de compréhension de la part de la France, qui a décidé de les chasser de leur sol natal. Qu'ils ne tentent pas de s'y opposer. Leur résistance serait brisée dans le sang. "
Christian Fouchet réfléchit un court instant: "Non, Monseigneur, cette déclaration est impossible. D'ailleurs, les décisions prises par les autorités françaises sont irréversibles. " Il se leva, tendit la main à l'évêque : " Espérons, Monseigneur, que nous nous retrouverons en des circonstances moins pénibles. "
Le clergé d'Algérie n'était pas entièrement à l'image de Mgr Duval .